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| 書名 | 著者名 | 出版社 | 出版年 | 分類 |
| 名探偵コナン推理ファイル恐竜の謎 | 青山 剛昌／原作 太田 勝／まんが 窪田 一裕／まんが 真鍋 真／監修 | 小学館 | 2004 | M457 |
| 名探偵コナン推理ファイル昆虫の謎 | 青山 剛昌／原作 太田 勝／まんが 窪田 一裕／まんが 小池 啓一／監修 | 小学館 | 2004 | M486 |
| 名探偵コナン科学トリックＢＯＯＫ ２ | 青山 剛昌／原作 太田 勝／漫画 窪田 一裕／漫画 | 小学館 | 2003 | 400 |
| 名探偵コナン推理ファイル人類の謎 | 青山 剛昌／原作 太田 勝／まんが 窪田 一裕／まんが 馬場 悠男／監修 佐倉 統／監修 | 小学館 | 2011 | M469 |
| 日本史探偵コナン 〔シーズン１〕−２ 弥生時代 | 青山 剛昌／原作 太田 勝／まんが 八神 健／まんが | 小学館 | 2017 | 210 |
| 日本史探偵コナン 〔シーズン１〕−３ 飛鳥時代 | 青山 剛昌／原作 太田 勝／まんが 狛枝 和生／まんが | 小学館 | 2017 | 210 |
| 日本史探偵コナン 〔シーズン１〕−１１ 明治時代 | 青山 剛昌／原作 太田 勝／まんが 伊藤 広明／まんが | 小学館 | 2018 | 210 |
| 名探偵コナン理科ファイル昆虫の秘密 | 青山 剛昌／原作 太田 勝／窪田一裕／まんが ガリレオ工房／監修 | 小学館 | 2011 | 486 |
| 名探偵コナン理科ファイル太陽と月の秘密 | 青山 剛昌／原作 太田 勝／窪田一裕／まんが ガリレオ工房／監修 | 小学館 | 2012 | 444 |